資本金の出資があったことをどうやって証明するのですか？

会社法改正以前は、少し複雑でしたが、現在の会社法の下では、発起設立（通常はこれです） の場合、資本金の払い込みがあったことを証明する書類は書類１枚と通帳のコピーで証明することが可能となりました。

書類は司法書士が作成しますが、通帳は出資金相当額を発起人（出資する人）個人の預金口座に入金し、その通帳のコピーを取ります。

コピーする箇所は
①通帳の表紙
②見開きで支店等の記載がされたページ
③資本金の入金が確認できるページ（発起人の氏名が表記されるように振込）
です。

また、払い込んだ資本金は会社設立までに使用しても構いません。その資金を通帳から引き出して事業開始の準備資金として使うこともできます。
ただし、発起人個人の口座にあるからといって個人的な用途に使用することは出来ません。
会社の事業のために使用します。